Parafia „Wasniwdo” fundacji królewskiej wzmiankowana jest po raz pierwszy w wykazach dziesięciny papieskiej z 1350 roku. Była to w tym czasie jedna z najuboższych parafii podhalańskich. Nie mogąc zapewnić należytego utrzymania własnemu kapłanowi, parafia Waksmund została w 1519 roku afiliowana przed bp. Jana Konarskiego do parafii w Nowym Targu. Jednak dostęp do tamtejszego kościoła utrudniały waksmundzianom częste wylewy rzeki Dunajec, dlatego też chętnie kierowali się oni w stronę Ostrowska. W 1608 roku wizytator ks. Jan Januszewski, zlecił kapłanowi z Ostrowska rozpoczęcie pracy duszpasterskiej w Waksmundzie. Proboszcz z Nowego Targu starał się jednak, aby tereny Waksmundu przynależały do jego parafii. Pięć lat później nuncjatura w Warszawie rozsądziła sprawę i przyznała przynależność wsi Waksmund do parafii w Nowym Targu. Taki stan utrzymywał się do 1817 roku, w którym to została utworzona z Waksmundu ekspozytura parafii nowotarskiej. Dzięki decyzji ks. abp. Karola Wojtyły parafia Waksmund otrzymała pełnię prawa w 1966 roku.
Wezwanie kościoła w Waksmundzie w ciągu lat ulegało zmianie. Początkowo nosił wezwanie Oczyszczenia NMP, po 1565 roku Wniebowzięcia NMP, a po 1727 roku patronką świątyni została św. Jadwiga Śląska.
Wzmianki historyczne podają, że drewniany kościół z 1628 roku, który posiadał dzwonnicę i cztery ołtarze spalił się w 1808 roku. Po trzech latach drewniany kościół został zastąpiony tymczasową kaplicą. Kolejna tym razem murowana świątynia powstała w 1887 roku. Jej rozbudowy podjął się w 1999 roku, ks. Jan Kapusta. Projekt rozbudowy został przygotowany przez architekta Lesława Maneckiego. Prace budowlane, dzięki dużemu zaangażowaniu i ofiarności parafian posuwały się bardzo szybko i zostały ukończone z zasadniczym wystrojem wnętrza w połowie 2002 roku. Po rozbudowie rekonsekracji kościoła dokonał ks. kard. Franciszek Macharski – Metropolita Krakowski 26 czerwca 2004 roku.